Антимикробные метаболиты из назальной микробиоты свиней

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Микробиом млекопитающих считается потенциальным источником биологически активных соединений, в том числе антибиотиков. В данной работе мы изучили культивируемые микроорганизмы из назальной микробиоты венгерской домашней свиньи (Sus domesticus). Таксономическое положение 20 выделенных штаммов (включая 18 бактерий, по одному виду дрожжевых и мицелиальных грибов) было определено с помощью филогенетического анализа, морфологических и биохимических исследований. Штаммы были подвергнуты тестированию на чувствительность к антибиотикам и скринингу антимикробной активности. Установлено, что штамм Pseudomonas aeruginosa SM-11 продуцирует четыре известные антибактериальные молекулы (пиоцианин, пиохелин, пиолутеорин, монорамнолипид). Продукция пиоцианина была индуцирована сокультивированием с грамотрицательными тест-микроорганизмами Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 и Escherichia coli ATCC 25922. Показано, что микробиота млекопитающих может служить ценным источником штаммов, продуцирующих антимикробные препараты, а также штаммов редких таксонов. Для ее изучения наиболее перспективны биотехнологические подходы, основанные на индукции биосинтеза вторичных метаболитов с помощью сокультивирования с тест-микроорганизмами. Методы сокультивирования – перспективный подход для изучения противомикробных препаратов из молчащих кластеров биосинтетических генов.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. А. Баранова

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: alferovava@gmail.com
Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

Ю. В. Закалюкина

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: alferovava@gmail.com

факультет почвоведения

Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1с12

А. П. Тюрин

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: alferovava@gmail.com
Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

В. А. Коршун

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: alferovava@gmail.com
Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

О. А. Белозерова

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: alferovava@gmail.com
Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

М. В. Бирюков

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: alferovava@gmail.com

биологический факультет

Россия, 119234, Москва, Ленинские горы, 1с12

А. В. Моисеенко

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: alferovava@gmail.com

биологический факультет

Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10; 119234, Москва, Ленинские горы, 1с12

С. С. Терехов

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: alferovava@gmail.com
Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

В. А. Алферова

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: alferovava@gmail.com
Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

Список литературы

  1. Hutchings M.I., Truman A.W., Wilkinson B. // Curr. Opin. Microbiol. 2019. V. 51. P. 72–80. https://doi.org/10.1016/j.mib.2019.10.008
  2. Miethke M., Pieroni M., Weber T., Brönstrup M., Hammann P., Halby L., Arimondo P.B., Glaser P., Aigle B., Bode H.B., Moreira R., Li Y., Luzhetskyy A., Medema M. H., Pernodet J., Stadler M., Tormo J.R., Genilloud O., Truman A.W., Weissman K.J., Takano E., Sabatini S., Stegmann E., Brötz-Oesterhelt H., Wohlleben W., Seemann M., Empting M., Hirsch A.K.H., Loretz B., Lehr C.M., Titz A., Herrmann J., Jaeger T., Alt S., Hesterkamp T., Winterhalter M., Schiefer A., Pfarr K., Hoerauf A., Graz H., Graz M., Lindvall M., Ramurthy S., Karlén A., Dongen M., Petkovic H., Keller A., Peyrane F., Donadio S., Fraisse L., Piddock L.J.V., Gilbert I.H., Moser H.E, Müller R. // Nat. Rev. Chem. 2021. V. 5. P. 726–749. https://doi.org/10.1038/s41570-021-00313-1
  3. Bernal F.A., Hammann P., Kloss F. // Curr. Opin. Biotechnol. 2022. V. 78. P. 102783. https://doi.org/10.1016/j.copbio.2022.102783
  4. Cook M.A., Wright G.D. // Sci. Transl. Med. 2022. V. 14. P. eabo7793. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.abo7793
  5. Dai J., Han R., Xu Y., Li N., Wang J., Dan W. // Bioorg. Chem. 2020. V. 101. P. 103922. https://doi.org/10.1016/j.bioorg.2020.103922
  6. Atanasov A., Zotchev S., Dirsch V., Orhan I., Banach M., Rollinger J., Barreca D., Weckwerth W., Bauer R., Edward B., Majeed M., Bishayee A., Bochkov V., Bonn G., Braidy N., Bucar F., Cifuentes A., D’Onofrio G., Bodkin M., Supuran C. // Nat. Rev. Drug Discov. 2021. V. 20. P. 1–17. https://doi.org/10.1038/s41573-020-00114-z
  7. Newman D.J., Cragg G.M. // J. Nat. Prod. 2020. V. 83. P. 770–803. https://doi.org/10.1021/acs.jnatprod.9b01285
  8. Baranova A.A., Alferova V.A., Korshun V.A., Tyurin A.P. // Life. 2023. V. 13. P. 1073. https://doi.org/10.3390/life13051073
  9. Walesch S., Birkelbach J., Jézéquel G., Haeckl F.P.J., Hegemann J.D., Hesterkamp T., Hirsch A.K.H., Hammann P., Müller R. // EMBO Rep. 2023. V. 24. P. e56033. https://doi.org/10.15252/embr.202256033
  10. Баранова А.А., Алферова В.А., Коршун В.А., Тюрин А.П. // Биоорг. химия. 2020. Т. 46. С. 593–665. [Baranova A.A., Alferova V.A., Korshun V.A., Tyurin A.P. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2020. V. 46. P. 903–971.] https://doi.org/10.1134/S1068162020060023
  11. Baranova A.A., Zakalyukina Y.V., Ovcharenko A.A., Korshun V.A., Tyurin A.P. // Biology (Basel). 2022. V. 11. P. 1676. https://doi.org/10.3390/biology11111676
  12. Abdelaleem E.R., Samy M.N., Abdelmohsen U.R., Desoukey S.Y. // Lett. Appl. Microbiol. 2022. V. 74. P. 8–16. https://doi.org/10.1111/lam.13559
  13. Imai Y., Meyer K.J., Iinishi A., Favre-Godal Q., Green R., Manuse S., Caboni M., Mori M., Niles S., Ghiglieri M., Honrao C., Ma X., Guo J.J., Makriyannis A., Linares-Otoya L., Böhringer N., Wuisan Z.G., Kaur H., Wu R., Mateus A., Typas A., Savitski M.M., Espinoza J.L., O’Rourke A., Nelson K.E., Hiller S., Noinaj N., Schäberle T.F., D’Onofrio A., Lewis K. // Nature. 2019. V. 576. P. 459–464. https://doi.org/10.1038/s41586-019-1791-1
  14. Wang L., Ravichandran V., Yin Y., Yin J., Zhang Y. // Trends Biotechnol. 2019. V. 37. P. 492–504. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2018.10.003
  15. Donia M.S., Fischbach M.A. // Science. 2015. V. 349. P. 1254766. https://doi.org/10.1126/science.1254766
  16. Mousa W.K., Athar B., Merwin N.J., Magarvey N.A. // Nat. Prod. Rep. 2017. V. 34. P. 1302–1331. https://doi.org/10.1039/C7NP00021A
  17. Chiumento S., Roblin C., Kieffer-Jaquinod S., Tachon S., Leprètre C., Basset C., Aditiyarini D., Olleik H., Nicoletti C., Bornet O., Iranzo O., Maresca M., Hardré R., Fons M., Giardina T., Devillard E., Guerlesquin F., Couté Y., Atta M., Perrier J., Lafond M., Duarte V. // Sci. Adv. 2019. V. 5. P. eaaw9969. https://doi.org/10.1126/sciadv.aaw9969
  18. Barber C.C., Zhang W. // J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2021. V. 48. P. kuab010. https://doi.org/10.1093/jimb/kuab010
  19. Lewis K. // Cell. 2020. V. 181. P. 29–45. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.056
  20. Pirolo M., Espinosa-Gongora C., Alberdi A., Eisenho- fer R., Soverini M., Eriksen E.Ø., Pedersen K.S., Guardabassi L. // Anim. Microbiome. 2023. V. 5. P. 5. https://doi.org/10.1186/s42523-023-00226-y
  21. Petrelli S., Buglione M., Rivieccio E., Ricca E., Baccigalupi L., Scala G., Fulgione D. // Anim. Microbiome. 2023. V. 5. P. 14. https://doi.org/10.1186/s42523-023-00235-x
  22. Vasco K., Guevara N., Mosquera J., Zapata S., Zhang L. // Anim. Microbiome. 2022. V. 4. P. 65. https://doi.org/10.1186/s42523-022-00218-4
  23. Kauter A., Epping L., Semmler T., Antao E.-M., Kannapin D., Stoeckle S.D., Gehlen H., Lübke-Becker A., Günther S., Wieler L.H., Walther B. // Anim. Microbiome. 2019. V. 1. P. 14. https://doi.org/10.1186/s42523-019-0013-3
  24. O’Sullivan J.N., Rea M.C., O’Connor P.M., Hill C., Ross R.P. // FEMS Microbiol. Ecol. 2019. V. 95. P. fiy241. https://doi.org/10.1093/femsec/fiy241
  25. Wertz P.W., De Szalay S. // Antibiotics. 2020. V. 9. P. 159. https://doi.org/10.3390/antibiotics9040159
  26. O’Sullivan J.N., O’Connor P.M., Rea M.C., O’Sulli- van O., Walsh C.J., Healy B., Mathur H., Field D., Hill C., Ross R.P. // J. Bacteriol. 2020. V. 202. P. e00639-19. https://doi.org/10.1128/JB.00639-19
  27. O’Neill A.M., Worthing K.A., Kulkarni N., Li F., Nakatsuji T., McGrosso D., Mills R.H., Kalla G., Cheng J.Y., Norris J.M., Pogliano K., Pogliano J., Gonzalez D.J., Gallo R.L. // eLife. 2021. V. 10. P. e66793. https://doi.org/10.7554/eLife.66793
  28. Swaney M.H., Kalan L.R. // Infect. Immun. 2021. V. 89. P. e00695-20. https://doi.org/10.1128/IAI.00695-20
  29. Heilbronner S., Krismer B., Brötz-Oesterhelt H., Peschel A. // Nat. Rev. Microbiol. 2021. V. 19. P. 726–739. https://doi.org/10.1038/s41579-021-00569-w
  30. Terekhov S.S., Smirnov I.V., Malakhova M.V., Samoi- lov A.E., Manolov A.I., Nazarov A.S., Danilov D.V., Dubiley S.A., Osterman I.A., Rubtsova M.P., Kostryukova E.S., Ziganshin R.H., Kornienko M.A., Vanyushkina A.A., Bukato O.N., Ilina E.N., Vlasov V.V., Severinov K.V., Gabibov A.G., Altman S. // PNAS. 2018. V. 115. P. 9551–9556. https://doi.org/10.1073/pnas.1811250115
  31. Covington B.C., Seyedsayamdost M.R. // J. Am. Chem. Soc. 2022. V. 144. P. 14997–15001. https://doi.org/10.1021/jacs.2c05790
  32. Egerszegi I., Rátky J., Solti L., Brüssow K.-P. // Arch. Anim. Breed. 2003. V. 46. P. 245–256. https://doi.org/10.5194/aab-46-245-2003
  33. Breed cards: Mangalitsa (Swallow-Belly Manga- litsa) Pig. https://www.pig333.com/articles/breed-cards-mangalitsa-swallow-belly-mangalitsa-pig_15977/
  34. Alhede M., Qvortrup K., Liebrechts R., Høiby N., Givskov M., Bjarnsholt T. // FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2012. V. 65. P. 335–342. https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2012.00956.x
  35. Tihlaříková E., Neděla V., Đorđević B. // Sci. Rep. 2019. V. 9. P. 2300. https://doi.org/10.1038/s41598-019-38835-w
  36. Muscariello L., Rosso F., Marino G., Giordano A., Barbarisi M., Cafiero G., Barbarisi A. // J. Cell. Physiol. 2005. V. 205. P. 328–334. https://doi.org/10.1002/jcp.20444
  37. Bergmans L., Moisiadis P., Van Meerbeek B., Quirynen M., Lambrechts P. // Int. Endod. J. 2005. V. 38. P. 775–788. https://doi.org/10.1111/j.1365-2591.2005.00999.x
  38. Grund E., Kroppenstedt R.M. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 1990. V. 40. P. 5–11. https://doi.org/10.1099/00207713-40-1-5
  39. Wei Q., Ma L. // Int. J. Mol. Sci. 2013. V. 14. P. 20983– 21005. https://doi.org/10.3390/ijms141020983
  40. Brandel J., Humbert N., Elhabiri M., Schalk I.J., Mislin G.L.A., Albrecht-Gary A.-M. // Dalton Trans. 2012. V. 41. P. 2820. https://doi.org/10.1039/c1dt11804h
  41. Abdelaziz A.A., Kamer A.M.A., Al-Monofy K.B., Al-Madboly L.A. // Microb. Cell Fact. 2022. V. 21. P. 262. https://doi.org/10.1186/s12934-022-01988-x
  42. Brodhagen M., Henkels M.D., Loper J.E. // Appl. Environ. Microbiol. 2004. V. 70. P. 1758–1766. https://doi.org/10.1128/AEM.70.3.1758-1766.2004
  43. Esposito R., Speciale I., De Castro C., D’Errico G., Russo Krauss I. // Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 5395. https://doi.org/10.3390/ijms24065395
  44. Gogineni V., Chen X., Hanna G., Mayasari D., Hamann M.T. // J. Antibiot. (Tokyo). 2020. V. 73. P. 490–503. https://doi.org/10.1038/s41429-020-0321-6
  45. Masson F., Lemaitre B. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2020. V. 84. P. e00089-20. https://doi.org/10.1128/MMBR.00089-20
  46. Olofsson T.C., Butler È., Markowicz P., Lindholm C., Larsson L., Vásquez A. // Int. Wound J. 2016. V. 13. P. 668–679. https://doi.org/10.1111/iwj.12345
  47. Varijakzhan D., Loh J.-Y., Yap W.-S., Yusoff K., Seboussi R., Lim S.-H.E., Lai K.-S., Chong C.-M. // Marine Drugs. 2021. V. 19. P. 246. https://doi.org/10.3390/md19050246
  48. Abd-Elgawad M.M.M. // Life. 2022. V. 12. P. 1360. https://doi.org/10.3390/life12091360
  49. Bassols A., Costa C., Eckersall P.D., Osada J., Sabrià J., Tibau J. // Proteomics Clin. Appl. 2014. V. 8. P. 715–731. https://doi.org/10.1002/prca.201300099
  50. Heinritz S.N., Mosenthin R., Weiss E. // Nutr. Res. Rev. 2013. V. 26. P. 191–209. https://doi.org/10.1017/S0954422413000152
  51. Espinosa-Gongora C., Larsen N., Schønning K., Fredholm M., Guardabassi L. // PLoS One. 2016. V. 11. P. e0160331. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0160331
  52. Chlebicz A., Śliżewska K. // Int. J. Environ. Res. Public Health. 2018. V. 15. P. 863. https://doi.org/10.3390/ijerph15050863
  53. Meurens F., Summerfield A., Nauwynck H., Saif L., Ger- dts V. // Trends Microbiol. 2012. V. 20. P. 50–57. https://doi.org/10.1016/j.tim.2011.11.002
  54. Gaskins H.R. // In: Swine Nutrition / Eds. Lewis A.J, Southern L.L. CRC Press, 2000. P. 585–609. https://doi.org/10.1201/9781420041842
  55. Crespo-Piazuelo D., Estellé J., Revilla M., Criado-Mesas L., Ramayo-Caldas Y., Óvilo C., Fernández A.I., Ballester M., Folch J.M. // Sci. Rep. 2018. V. 8. P. 12727. https://doi.org/10.1038/s41598-018-30932-6
  56. Isaacson R., Kim H.B. // Anim. Health Res. Rev. 2012. V. 13. P. 100–109. https://doi.org/10.1017/S1466252312000084
  57. Correa-Fiz F., Gonçalves dos Santos J.M., Illas F., Aragon V. // Sci. Rep. 2019. V. 9. P. 6545. https://doi.org/10.1038/s41598-019-43022-y
  58. Correa-Fiz F., Fraile L., Aragon V. // BMC Genomics. 2016. V. 17. P. 404. https://doi.org/10.1186/s12864-016-2700-8
  59. Obregon-Gutierrez P., Aragon V., Correa-Fiz F. // Pathogens. 2021. V. 10. P. 697. https://doi.org/10.3390/pathogens10060697
  60. Correa-Fiz F., Neila-Ibáñez C., López-Soria S., Napp S., Martinez B., Sobrevia L., Tibble S., Aragon V., Migura-Garcia L. // Sci. Rep. 2020. V. 10. P. 20354. https://doi.org/10.1038/s41598-020-77313-6
  61. Wang T., He Q., Yao W., Shao Y., Li J., Huang F. // Front. Microbiol. 2019. V. 10. P. 1083. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01083
  62. Dai H., Chen A., Wang Y., Lu B., Wang Y., Chen J., Huang Y., Li Z., Fang Y., Xiao T., Cai H., Du Z., Wei Q., Kan B., Wang D. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2019. V. 69. P. 852–858. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.003248
  63. Matias Rodrigues J.F., Schmidt T.S.B., Tackmann J., Mering C. von // Bioinformatics. 2017. V. 33. P. 3808– 3810. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx517
  64. Wang F., Gai Y., Chen M., Xiao X. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2009. V. 59. P. 2759–2762. https://doi.org/10.1099/ijs.0.008912-0
  65. Touchette D., Altshuler I., Gostinčar C., Zalar P., Raymond-Bouchard I., Zajc J., McKay C.P., Gunde-Cimerman N., Whyte L.G. // ISME J. 2022. V. 16. P. 221–232. https://doi.org/10.1038/s41396-021-01030-9
  66. Raza M., Zhang Z.-F., Hyde K.D., Diao Y.-Z., Cai L. // Fungal Diversity. 2019. V. 99. P. 1–104. https://doi.org/10.1007/s13225-019-00434-5
  67. Bennur T., Ravi Kumar A., Zinjarde S.S., Javdekar V. // J. Appl. Microbiol. 2016. V. 120. P. 1–16. https://doi.org/10.1111/jam.12950
  68. Xu D., Nepal K.K., Chen J., Harmody D., Zhu H., McCarthy P.J., Wright A.E., Wang G. // Synth. Syst. Biotechnol. 2018. V. 3. P. 246–251. https://doi.org/10.1016/j.synbio.2018.10.008
  69. Vela A.I., Sánchez-Porro C., Aragón V., Olvera A., Domínguez L., Ventosa A., Fernández-Garayzábal J.F. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. V. 60. P. 2446–2450. https://doi.org/10.1099/ijs.0.016626-0
  70. Vela A.I., Arroyo E., Aragon V., Sanchez-Porro C., Latre M.V., Cerda-Cuellar M., Ventosa A., Dominguez L., Fernandez-Garayzabal J.F. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2009. V. 59. P. 671–674. https://doi.org/10.1099/ijs.0.006205-0
  71. Fusco V., Quero G.M., Cho G.-S., Kabisch J., Meske D., Neve H., Bockelmann W., Franz C.M.A.P. // Front. Microbiol. 2015. V. 6. P. 155. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00155
  72. Borgo F., Ballestriero F., Ferrario C., Fortina M.G. // Ann. Microbiol. 2015. V. 65. P. 833–839. https://doi.org/10.1007/s13213-014-0924-x
  73. Gaaloul N., Ben Braiek, O., Berjeaud J.M., Arthur T., Cavera V.L., Chikindas M.L., Hani K., Ghrairi T. // J. Food Saf. 2014. V. 34. P. 300–311. https://doi.org/10.1111/jfs.12126
  74. Guarino A., Giannella R., Thompson M.R. // Infect. Immun. 1989. V. 57. P. 649–652. https://doi.org/10.1128/iai.57.2.649-652.1989
  75. Rieusset L., Rey M., Muller D., Vacheron J., Gerin F., Dubost A., Comte G., Prigent-Combaret C. // Microb. Biotechnol. 2020. V. 13. P. 1562–1580. https://doi.org/10.1111/1751-7915.13598
  76. Kudo S., Morimoto Y.V., Nakamura S. // Microbiology. 2015. V. 161. P. 701–707. https://doi.org/10.1099/mic.0.000031
  77. Dickerman A., Bandara A.B., Inzana T.J. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2020. V. 70. P. 180–186. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.003730
  78. Fuller A.T., Horton J.M. // J. Gen. Microbiol. 1950. V. 4. P. 417–433. https://doi.org/10.1099/00221287-4-3-417
  79. Caulier S., Nannan C., Gillis A., Licciardi F., Bragard C., Mahillon J. // Front. Microbiol. 2019. V. 10. P. 302. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00302
  80. Tyurin A., Alferova V., Korshun V. // Microorganisms. 2018. V. 6. P. 52. https://doi.org/10.3390/microorganisms6020052
  81. Björkroth K.J., Schillinger U., Geisen R., Weiss N., Hoste B., Holzapfel W.H., Korkeala H.J., Vandam- me P. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. P. 141–148. https://doi.org/10.1099/00207713-52-1-141
  82. Fortina M.G., Ricci G., Mora D., Manachini P.L. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. V. 54. P. 1717–1721. https://doi.org/10.1099/ijs.0.63190-0
  83. Jančič U., Gorgieva S. // Pharmaceutics. 2021. V. 14. P. 76. https://doi.org/10.3390/pharmaceutics14010076
  84. Muthukrishnan P., Chithra Devi D., Mostafa A.A., Alsamhary K.I., Abdel-Raouf N., Nageh Sholkamy E. // J. Infect. Public Health. 2020. V. 13. P. 1522–1532. https://doi.org/10.1016/j.jiph.2020.06.025
  85. Baranova A.A., Chistov A.A., Tyurin A.P., Prokhorenko I.A., Korshun V.A., Biryukov M.V., Alferova V.A., Zakalyukina Y.V. // Microorganisms. 2020. V. 8. P. 1948. https://doi.org/10.3390/microorganisms8121948
  86. Methods for Dilution Antimicrobial Susceptibility Tests for Bacteria that Grow Aerobically, 11th Ed. // Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI): Wayne, USA, 2015. https://clsi.org/standards/products/microbiology/documents/m07/
  87. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing: 25th Informational Supplement // Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI): Wayne, USA, 2015. https://clsi.org/media/1631/m02a12_sample.pdf
  88. Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts, 3rd Ed. // Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI): Wayne, USA, 2008. https://clsi.org/media/1461/m27a3_sample.pdf
  89. Smith A.C., Hussey M.A. // Gram Stain Protocols. American Society for Microbiology, 2005. https://asm.org/getattachment/5c95a063-326b-4b2f-98ce-001de9a5ece3/gram-stain-protocol-2886.pdf
  90. Glass N.L., Donaldson G.C. // Appl. Environ. Microbiol. 1995. V. 61. P. 1323–1330. https://doi.org/10.1128/aem.61.4.1323-1330.1995
  91. White T.J., Bruns T., Lee S., Taylor J. // In: PCR Protocols. A Guide to Methods and Applications. Academic Press, Cambridge, Massachusetts, U.S., 1990. P. 315–322. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-372180-8.50042-1
  92. Lane D.J., Stackebrandt E., Goodfellow M. // Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematic. Wiley, Hoboken, New Jersey, U.S., 1991.
  93. Glauert A.M. // Practical Methods in Electron Microscopy. North-Holland Publishing Company, Amsterdam, London, 1974.
  94. Wang M., Carver J.J., Phelan V.V., Sanchez L.M., Garg N., Peng Y., Nguyen D.D., Watrous J., Kapono C.A., Luzzatto-Knaan T., Porto C., Bouslimani A., Melnik A.V., Meehan M.J., Liu W.-T., Crüsemann M., Boudreau P.D., Esquenazi E., Sandoval-Calderón M., Kersten R.D., Pace L.A., Quinn R.A., Duncan K.R., Hsu C.-C., Floros D.J., Gavilan R.G., Kleigrewe K., Northen T., Dutton R.J., Parrot D., Carlson E.E., Aigle B., Michelsen C.F., Jelsbak L., Sohlenkamp C., Pevzner P., Edlund A., McLean J., Piel J., Murphy B.T., Gerwick L., Liaw C.-C., Yang Y.-L., Humpf H.-U., Maansson M., Keyzers R.A., Sims A.C., Johnson A.R., Sidebottom A.M., Sedio B.E., Klitgaard A., Larson C.B., Boya P C.A., Torres-Mendoza D., Gonzalez D.J., Silva D.B., Marques L.M., Demarque D.P., Pociute E., O’Neill E.C., Briand E., Helfrich E.J.N., Granato- sky E.A., Glukhov E., Ryffel F., Houson H., Mohima- ni H., Kharbush J.J., Zeng Y., Vorholt J.A., Kurita K.L., Charusanti P., McPhail K.L., Nielsen K.F., Vuong L., Elfeki M., Traxler M.F., Engene N., Koyama N., Vin- ing O.B., Baric R., Silva R.R., Mascuch S.J., Tomasi S., Jenkins S., Macherla V., Hoffman T., Agarwal V., Williams P.G., Dai J., Neupane R., Gurr J., Rodrí- guez A.M.C., Lamsa A., Zhang C., Dorrestein K., Duggan B.M., Almaliti J., Allard P.-M., Phapale P., Nothias L.-F., Alexandrov T., Litaudon M., Wolfen- der J.-L., Kyle J.E., Metz T.O., Peryea T., Nguyen D.-T., VanLeer D., Shinn P., Jadhav A., Müller R., Waters K.M., Shi W., Liu X., Zhang L., Knight R., Jensen P.R., Palsson B.Ø., Pogliano K., Linington R.G., Gutiérrez M., Lopes N.P., Gerwick W.H., Moore B.S., Dorrestein P.C., Bandeira N. // Nat. Biotechnol. 2016. V.34. P. 828–837. https://doi.org/10.1038/nbt.3597

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Повсеместное присутствие и постоянная циркуляция микроорганизмов в экосистемах.

Скачать (579KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Сканирующая электронная микроскопия штамма Nocardiopsis alba SM-1, выращенного на среде Мюллера–Хинтона в течение 5 сут при 28°C. Стрелками показаны округлые спорангиеподобные структуры.

Скачать (529KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Морфология Rhodotorula frigidialcoholis (SM-6): световая микроскопия (а), сканирующая электронная микрофотография после 3 сут инкубации на среде Мюллера–Хинтона при 28°C (б).

Скачать (431KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Изображение со сканирующего электронного микроскопа биопленки штамма Pseudomonas aeruginosa SM-11, сформированной через 48 ч на среде LB при 37°C.

Скачать (516KB)
Метаданные
6. Рис. 5. Микроморфология Chaetomium anastomosans SM-20 на среде PDA через 7 сут инкубации при 25 ± 1°C: зрелые плодовые тела (перитеции), рассмотренные с помощью световой микроскопии (а) и сканирующего электронного микроскопа (б), волоски перитеция в SEM (в), аскоспоры в SEM (г) и в ESEM (д, е).

Скачать (1MB)
Метаданные
7. Рис. 6. Профиль ВЭЖХ (контролируется по УФ-поглощению при 350 нм) и условия элюирования (голубая линия) для SM-11-MeCN20 (а). УФ-спектры и картина фрагментации MS2 ([M + H]+, масс-спектр HCD в режиме регистрации положительно заряженных ионов) для пиоцианина (б) и пиохелина (в).

Скачать (892KB)
Метаданные
8. Рис. 7. Профиль ВЭЖХ (контролируется по УФ-поглощению при 350 нм) и условия элюирования (голубая линия) для SM-11-MeCN50 (а); УФ-спектр и схема фрагментации MS2 ([M – H]–, в режиме регистрации отрицательно заряженных ионов) для пиолютеорина (б).

Скачать (595KB)
Метаданные
9. Рис. 8. Профиль ВЭЖХ (контролируется по УФ-поглощению при 210 нм) и условия элюирования (голубая линия) для SM-11-MeCN100 (а). УФ-спектр и схема фрагментации MS2 для монорамнолипида RhaC10C10 (б).

Скачать (601KB)
Метаданные
10. Рис. 9. Сбор образцов и выделение микроорганизмов.

Скачать (504KB)
Метаданные
11. Рис. 10. Дизайн экспериментов по тестированию антагонистической активности выделенных микроорганизмов: (а) – метод поперечных полос, (б) – метод агаровых блоков.

Скачать (229KB)
Метаданные
12. Дополнительные материалы
Скачать (3MB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024