Полный митохондриальный геном Clupeonella abrau (Maliatsky, 1930) (Clupeiformes) – эндемичного вида пресноводных рыб из озера Абрау (Россия)

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Абраусская тюлька Clupeonella abrau (Maliatsky, 1930) – эндемичный вид рыб озера Абрау (Краснодарский край, Россия). Проаннотированный полный митохондриальный геном C. abrau длиной 16650 п.н. с консервативным для сельдевых рыб расположением генов демонстрирует сходство в 98.8% с митогеномом родственного вида – черноморско-каспийской тюльки (C. cultriventris). Также последовательность гена COX1 была изучена у музейного экземпляра, собранного в оз. Абрау в 1938 г. Изменчивость у абраусской тюльки по локусу COX1 в современный период составляет около 0.15%, различие между абраусской и черноморско-каспийской тюлькой составляет 1.2%, а различия между музейным и современным образцами тюльки из оз. Абрау составляет 0.92%. Установлено, что в настоящее время абраусская тюлька не исчезла из рыбного сообщества и способна размножаться в текущих условиях. Предложены разные сценарии истории заселения тюлькой озера Абрау.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Д. П. Карабанов

Институт биологии внутренних вод им. И.Д. Папанина Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: dk@ibiw.ru
Россия, пос. Борок

Д. Д. Перебоев

Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук

Email: dk@ibiw.ru
Россия, Москва

Б. Д. Ефейкин

Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук

Email: dk@ibiw.ru
Россия, Москва

Ю. В. Кодухова

Институт биологии внутренних вод им. И.Д. Папанина Российской академии наук

Email: dk@ibiw.ru
Россия, пос. Борок

А. А. Котов

Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук

Email: dk@ibiw.ru

член-корреспондент РАН

Россия, Москва

Список литературы

  1. Динникъ К.Я. Общiй очеркъ фауны Кавказа. Ставрополь: Типографiя Губернскаго Правленiя, 1910. 15 с.
  2. Красная книга Российской Федерации. Животные. 2-ое издание. Москва: ФГБУ «ВНИИ Экология», 2021. 1128 с.
  3. Freyhof J., Kottelat M. Abrau Sprat Clupeonella abrau / The IUCN Red List of Threatened Species. IUCN UK Office, Cambridge: International Union for Conservation of Nature and Natural Resources, 2023. https://dx.doi.org/10.2305/iucn.uk.2008.rlts.t4985A11106744.en
  4. Лужняк В.А. Ихтиофауна рек и лиманов Черноморского побережья России. // Вопросы ихтиологии. 2003. Т. 43. № 4. C. 457–463.
  5. Rheindt F.E., Bouchard P., Pyle R.L., et al. Tightening the requirements for species diagnoses would help integrate DNA-based descriptions in taxonomic practice // PLoS Biology. 2023. V. 21. № 8. P. e3002251.
  6. Hogg C.J., Ottewell K., Latch P., et al. Threatened species initiative: empowering conservation action using genomic resources // The Proceedings of the National Academy of Sciences. 2022. V. 119. № 4. P. e2115643118.
  7. Малятский С. Новый, реликтовый вид сардельки из озера Абрау // Труды Азово-Черноморской научной рыбохозяйственной станции. 1930. Вып. 6. С. 65–74.
  8. Световидов А.Н. Сельдевые (Clupeidae). Фауна СССР. Рыбы. Том 2. Выпуск 1. Москва, Ленинград: Издательство АН СССР, 1952. 333 с.
  9. Karabanov D.P., Bekker E.I., Pavlov D.D., et al. New sets of primers for DNA identification of non-indigenous fish species in the Volga-Kama basin (European Russia) // Water. 2022. V. 14. P. e437.
  10. Pereboev D.D., Karabanov D.P., Efeykin B.D., Kotov A.A. Annotated mitogenome of Podonevadne trigona (Sars, 1897) (Cladocera: Onychopoda: Podonidae) sheds light on the age of podonid differentiation // Arthropoda Selecta. 2024. V. 33. № 1. P. 14–94.
  11. Dierckxsens N., Mardulyn P., Smits G. NOVOPlasty: de novo assembly of organelle genomes from whole genome data // Nucleic Acids Research. 2017. V. 45. № 4. P. e18.
  12. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. 2012. V. 28. № 8. P. 1166–1167.
  13. Lavoue S., Miya M., Saitoh K., et al. Phylogenetic relationships among anchovies, sardines, herrings and their relatives (Clupeiformes), inferred from whole mitogenome sequences // Molecular Phylogenetics and Evolution. 2007. V. 43. № 3. P. 1096–1105.
  14. Satoh T.P., Miya M., Mabuchi K., Nishida M. Structure and variation of the mitochondrial genome of fishes // BMC Genomics. 2016. V. 17. P. e719.
  15. Hebert P.D.N., Stoeckle M.Y., Zemlak T.S., Francis C.M. Identification of birds through DNA barcodes // PLoS Biology. 2004. V. 2. № 10. P. e312.
  16. Canales-Aguirre C.B., Ritchie P.A., Hernandez S., et al. Phylogenetic relationships, origin and historical biogeography of the genus Sprattus (Clupeiformes: Clupeidae) // PeerJ. 2021. V. 9. P. e11737.
  17. Островский А.Б. Происхождение озера Абрау и других бессточных котловин на Черноморском побережье Кавказа // Известия АН СССР. Серия географическая. 1970. № 1. С. 89–98.
  18. Karabanov D.P., Kodukhova Y.V., Pashkov A.N., et al. “Journey to the West”: Three phylogenetic lineages contributed to the invasion of Stone Moroko, Pseudorasbora parva (Actinopterygii: Cyprinidae) // Russian Journal of Biological Invasions. 2021. V. 12. № 1. P. 67–78.
  19. Карабанов Д.П. Генетические адаптации черноморско-каспийской тюльки Clupeonella cultriventris (Nordmann, 1840) (Actinopterygii: Clupeidae). Воронеж: Издательство “Научная книга”, 2013. 179 с.
  20. Mina M.V. Problems of protection of fish faunas in the USSR // Netherlands Journal of Zoology. 1991. V. 42. № 2-3. P. 200–213.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Круговая карта митохондриального генома Clupeonella abrau (озеро Абрау). Внешний круг указывает на расположение и распределение генов в митогеноме. Гены, кодируемые H (+) цепью и L (–) цепью, отображены во внешнем и внутреннем кольцах соответственно. Условные обозначения: 1 – белок-кодирующие гены; 2 – транспортная РНК; 3 – рибосомальная РНК; 4 – контрольный регион; 5 – содержание нуклеотидов G и C в молекуле ДНК (GC-content), средняя линия соответствует значению 0.5; 6 – неравномерность распределения нуклеотидов G+C в молекуле ДНК (GC-skew), средняя линия соответствует значению 0.

Скачать (398KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Относительное использование синонимичных кодов (RSCU) в белок-кодирующих генах C. abrau (первые столбцы) и C. cultriventris (вторые столбцы).

Скачать (326KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024